Trong câu chuyện thông thường của trò chơi, một phù thủy độc ác tên là Scylla (thường được đặt tên khác nhau ở nhiều quốc gia khác nhau, bao gồm cả Afskylia trong phiên bản gốc của Đan Mạch) đến nhà của gã quỷ lùn Hugo và một lần nữa bắt cóc vợ anh là Hugolina và ba đứa con nhỏ của họ (Rit, Rat và Rut) vì cô cần chúng để làm đẹp một cách kỳ diệu. Hugo phải trải qua một loạt cuộc phiêu lưu mạo hiểm để tiếp cận và giải cứu Hugolina và các con, thậm chí có thể loại bỏ Scylla đáng ghét và độc ác để mang lại hòa bình cho Troll Forest Rừng Quỷ Lùn). Tuy nhiên, mụ phù thủy đã chuẩn bị kỹ lưỡng cho Hugo khi bà theo dõi sự tiến bộ của anh thông qua quả cầu pha lê và sử dụng phép thuật để ngăn chặn anh, trước đó đã đặt đủ loại bẫy quanh co trên nhiều con đường khác nhau dẫn đến một trong những "hang đầu lâu" của cô. Điển hình là khi Hugo đến được nơi ẩn náu của Scylla, mụ phù thủy sẽ đích thân gặp quỷ lùn với niềm tin rằng hắn không thể thắng và giờ cô phải bị đánh bại bằng cách này hay cách khác để thực sự kết thúc trò chơi. Một số phiên bản còn có các đoạn kết thúc thay thế thậm chí có thể không có Scylla.

Bản phát hành PlayStation Hugo 2 độc đáo ở phần cốt chuyện của trò chơi tiếp tục từ nơi phần đầu tiên sau khi rời đi, nơi gia đình của Hugo đã được giải cứu nhưng ác nhân Scylla đã bỏ trốn và giờ quay lại để trả thù. Khi Hugo đang trở về nhà trên một chiếc máy bay cũ cùng những người thân yêu của mình sau lễ kỷ niệm, Scylla bay đến lâu đài chính của cô, nơi cô làm phép thuật để có được sức mạnh trên các đám mây để bắt Hugolina một lần nữa và phá hủy máy bay. Các con của Hugo đều nhảy dù xuống trước khi máy bay của anh rơi xuống vùng núi tuyết. Một lần nữa, Hugo cần phải vượt qua nhiều mối nguy hiểm đang rình rập trước mắt để cứu vợ anh thoát khỏi tay Scylla, kẻ luôn dùng mọi phép thuật xảo quyệt và đen tối của mình để ngăn cản anh. Lần này, trước tiên anh cũng cần phải tìm ba đứa con mất tích của mình trên đường đi.

Phiên bản di động Hugo 2/Hugo 2½ cũng rất đặc biệt vì Scylla đã tự mình bắt được Hugo và anh phải trốn thoát khỏi cô ta và đoàn tụ với Hugolina.